Pozemky obce ležia väčšinou priamo v údolí potoka Machnáč, začínajú pod úpätím vrchu Machnáč (568 m.n.m.) na úbočiach a svahoch s veľkým sklonom.
Samotná obec a pozemky ležia, okrem nánosov v údolí potoka, na neogennom vápencovom alebo dolomitickom podklade a opuke, v dolnej časti na treťohorných (egenburgských) morských náplavoch.
Miestami sú pôdy veľmi plytké a štrkovité, hlinito-piesčité, niekde ťažké hlboké íly, miestami zamokrené.
spodine je vápna dosť, avšak v ornici je zväčša vyplavované. Keďže okolie obce leží na vápenci, nachádzajú sa v blízkosti rôzne krasové útvary, ako napr. závrty na Remati, niekoľko menších jaskýň, vyvieračka s jazierkom v dolnej časti, ktorá je teraz zachytená a slúži ako zásoba vody pre Nitru a Levice (hornonitriansky vodovod), niekoľko studienok a pramienkov a pod.
Nad prameňom a jazierkom v dolnej časti je vidieť skamenelú treťoňornú morskú pláž. Smerom ku Svinnej sa nachádza v podloží sopečný popol s obsidiánovým sklom
Hydrologické pomery
Potok Machnáč, ktorý má prameň pod rovnomenným vrchom, priberá z ľavej strany potôčik z Havránkovej doliny a z pravej strany potôčiky tečúce z Petrovej Lehoty a Peťovky, preteká obcou a vlieva sa do rieky Bebravy pri obci Dolné Ozorovce.
Neďaleko obce vedľa cesty vedúcej smerom na Peťovku sa nachádzajú tri rybníky, jeden menší rybník sa však nachádza priamo v obci v parku. Pôvodné krasové jazierko v dolnej časti jMotešíc teraz zachytené a slúži ako zdroj pitnej vody.
Okolie obce je bohaté na zrážky. V 29-ročnom priemere (v roku 1945 až 1964) činili 725,57 mm, avšak v jednotlivých rokoch boli značné výkyvy od 500 do 1000 mm. Podnebie je pomerne vlhké, ovplyvňované rozdielnym prekrývaním dvoch údolí riek Nitry a Váhu.
Rastlinstvo
V tesnej blízkosti obce sú bohaté lesy, väčšinou listnaté, niekde listnato-ihličnaté. Z listnatých stromov sa najviac nachádza hrab obyčajný, buk lesný, dub cerový, javor horský, jaseň štíhly a pod. Z ihličnatých borovica lesná, smrek obyčajný, smrekovec opadavý, veľmi zriedka jedľa biela. Mimo jedle sú všetky ihličnany nepôvodné.
Kríkové porasty väčšinou tvorí vtáčí zob obyčajný, dráč obyčajný, vŕba rakyta, ruža šípová, baza čierna, trnka obyčajná, kalina obyčajná, borievka obyčajná, chránený svíb, drieň a pod. Na rúbaniskách rastú maliny a černice.
V lesoch rastie veľa rastlín, z jari sú okraje lesov rozkvitnuté veterníkom žltuškolistým (Isopyrum thalictroides), veternicou hájnou (Anemone nemorosa), veternicou iskerníkovitou (Anemone ranunculoides), chochlačkou dutou (Corydalis cava), prvosienkou jarnou (Primula veris), prvosienkou vyššou (Primula elatior), prvosienkou bezbyľovou (Primula acaulis), kokoríkom voňavým (Polygonatum odoratum), kopytníkom európskym (Asarum europaeum), hviezdnatcom čemericovým (Hacqueti epipactis), pri potokoch záružlie (Caltha palustris), a pod.
Ďalej sa tu nachádzajú aj mnohé zákonom chránené rastliny, ako napr. veternica lesná (Anemone silvestris), ľalia zlatohlavá (Lilium martagon), horec krížatý (Gentiana cruciata), orlíček obyčajný (Aquilegia vulgaris), zimozeleň menší (Vinea minor), vemeník dvojlistý (Platanthera bifolla) na stepných oblastiach, ako Ostrá hora (355 m n. m.) a Vápenná rastie vzácny a chránený poniklec veľkokvetý (Pulsatilla grandis) a poniklec otvorený (Pulsatilla patens)
V Horných Motešiciach sa nachádza pri kaštieli aj historický park. Žiaľ, v minulosti bol narušený jednak umiestnením nevhodných stavebno-technických prvkov na ploche parku, ako aj komunikáciou, ktorá ho teraz rozdelená na dve časti.
Časť pri kaštieli je skoro úplne zdecimovaná výstavbou futbalového ihriska a krytej jazdiarne. Zostali v nej iba dva exempláre ľaliovníka Uilipánokvetého (Liriodendron tulipifera), jeden exemplár ginka dvojlaločného (Ginkgo biloba), jeden exemplár drezovca trojtrňového (Gleditsia triacanthos), pôvodne tu bol aj jeden exemplár škumpy vlasatej (Cotinus coggygria) v stromovej forme, ale žiaľ je už zlikvidovaný.
V ďalšej časti parku, vľavo od cesty, porasty nadobudli časom charakter lesa. Zachovalá vysoká zeleň poukazuje na to, že centrum Motešíc v minulosti tvorilo ucelenú jednotku parkovej zelene. Rozdelenie parkového areálu na plochy rôznych užívateľov vylúčilo možnosť jeho komplexnej rekonštrukcie. Preto do rekonštrukcie sa pojala iba ucelená časť s vodnou nádržou po ľavej strane cesty do Motešíc. V tejto časti sa urobila druhová a zdravotná asanácia stromov a vyčistil sa park, obnovili sa chodníky, mosty cez potok a osadili sa lavičky.
Zrekonštruovala sa vodná nádrž, ktorá z prísnych tvarov obdĺžnika má teraz tvar ľadviny s ostrovčekom stromov v strednej časti. Zlikvidovali sa aj nevhodné prvky, napr. tanečné kolo, zeleninové záhrady a pod. V tejto časti parku sa nachádzajú štyri exempláre platanu javorovitého (Platanus acerifolia), niekoľko exemplárov sumachu sarlátového (Rhus glabra), jeden exemplár liesky tureckej (Corylus colurna), jeden exemplár orecha čierneho (Juglans nigra) a pod.
Pri ceste do Petrovej Lehoty, v blízkosti horárne, stojí mohutný, štátom chránený, buk lesný (Fagus silvatica), ktorého vek sa odhaduje na viac ako 300 rokov. Podľa povesti pod týmto bukom odpočívalo vojsko Františka Rákoczyho, keď tiahlo na Trenčín.
Živočíšstvo
V okolitých horách žije kráľ našich lesov jeleň obyčajný (Cervus elaphus), srnec hôrny (Capreolus capreolus), sviňa divá (Sus scrofa), jazvec obyčajný (Meles meles), mačka divá (Felis silvestris), kuna hôrna (Martes martes), kuna skalná (Martes foina), tchor obyčajný (Putorius putorius), lasica obyčajná (Mustela nivalis). Na poliach žije zajac poľný (Lepus europaeus).
Z pernatej zveri zopár bažantov obyčajných (Phaeianus colchlcus], jarabíc poľných (Perdix perdix) a už len veľmi zriedka počuť hlas prepelice poľnej (Coturnix coturnix). Na lúkách sa zriedka vyskytuje chrapkáč poľný Crex crex). Pod úbočím Machnáča v hlbokých lesoch hniezdi každoročne zákonom chránený bocian čierny (Ciconia nigra).
Z dravých vtákov sa vyskytuje myšiak hôrny (Buteo buteo), jastrab veľký (Accipiter gentilis), jastrab krahulec (Accipiter nisus), sokol myšiar (Falco tinnunculus), sova obyčajná (Strix aluco), kuvik obyčajný (Athene noctua), myšiarka ušatá {Asio otus), výr skalný (Bubo bubo) a pod. Pri potoku Machnáč sa vyskytuje vodnár obyčajný (Cinclus cinclus), rybárik obyčajný (Alcedo athys), oba druhy sa už teraz vyskytujú zriedkavejšie, ako kedysi, občas priletí i volavka popolavá (Ardea cinerea).
Zo spevavcov sa vyskytujú takmer všetky druhy sýkoriek a to sýkorka veľká (Parus major), belasá (P. caeruleus), azúrová (P. cyaneus), uhliarka (P. ater), čiernohlavá (P. montanus), hôrna (P. palustris), ďalej mlynárka dlhochvostá (Aegithalos caudatus), ďateľ veľký (Dendrocopos major), ďate” prostredný (D. medius), ďateľ malý (D. minor), tesár čierny (Dryocopus martius), žlna zelená (Picus viridis), krutohlav obyčajný (Jynx torquilla), hýľ obyčajný (Pyrrhula pyrrhula), glezg obyčajný (Coccothrauster coccothrauster), stehlík obyčajný (Carduelis carduelis), kôrovník dlhoprstý (Certhia familiaris), brhlík obyčajný (Sitta europaea), žltochvost domový (Phoenicurus ochruros), trasochvost biely (Motacilla alba), škovránok poľný (Alauda arvensis), lastovička obyčajná (Hirundo rustica), belorítka obyčajná (Delichon urbica), zelienka abyčajná (Carduelis chloris), drozd čierny (Turdus merula), drozd plavý (Turdus philomelos), vrabec domový (Passer domestieus), vrabec poľný (Passer montanus), strnádka obyčajná (Emberiza citrinella), pinka obyčajná (Fringilla coelebs), strákoš kolesár (Lenius minor), vlha obyčajná (Oriolus oriolus), sojka obyčajná (Carrulus glandarius), straka obyčajná (Pica pica), slávik obyčajný (Luscinia megarhyncos a pod. V niektoré zimy priletujú i pinky severské – ikavce (Fringilla montifriilla) a chochláče severské (Bombycella garrulus).
Z drobných živočíchov žijú na stepných oblastiach veľmi vzácne a zákonom chránené jašterice zelené (Lacerta viridis), jašterice múrové (Lacerta muralis), jašterice obyčajné (Lacerta agilis), pri potoku užovka obyčajná (Natrix natrix), v lesoch užovka stromová (Elaphe longissima), slepúch lámavý (Anguis fragilis), salamandra škvrnitá (Salamandra salamandra), rosnička zelená (Hyla arborea), pri lesných studničkách mlok veľký (Triturus cristatus), mlok obyčajný (Triturus vulgaris), kunka obyčajná (Bombina bombina), skokan hnedý (Ranatemporaria), skokan ostropyský (Rana arvalis), skokan zelený (Rana esculentaj a pod.
Zo vzácneho hmyzu modlivka zelená (Mantis religiosa), hlavne na stepnej časti Ostrej hory, v lesoch roháč obyčainý (Lucanus cervus), nosorožtek obyčajný (Oryctes nasicornis), fuzáč alpský (Rosalia alpina), fuzáč veľký (Cerambyx cerdo). Z motýľov jason chochlačkový (parnásius mnemosyne), vidlochvost feniklový (Papilio machaon), vidlochvost ovocný (Iphiclides podalirius) a mnoho iných druhov.
Ochrany prírody
V okolí obce sú toho času vyhlásené dva chránené prírodné výtvory (CHPV) a to Potok Machnáč a Potok v Havránkovej doline.
CHPV Potok Machnáč, ktorý má celkovú výmeru 8,88 ha, preteká katastrom obcí Motešice (Horné, Dolné), Bobotská Lehota a Horňany. Z toku bol vylúčený zregulovaný úsek v intraviláne obce Bobot. Z väčšej časti je tento vodný tok súčasťou výbežku Podunajskej nížiny – Nitrianskej pahorkatiny, z menšej časti Strážovských vrchov. CHPV bol vyhlásený v roku 1983 na ochranu cenných brehových porastov i samotného vodného toku so zachovalou samočistiacou schopnosťou.
CHPV Potok v Havránkovej doline má celkovú výmeru 7,77 ha. Je to územie s významnými biologickými a estetickými prvkami, typickými pre charakter geografického regiónu. Sú tam zachovalé brehové porasty (aronálne jelšiny) s drobnými slatinami, močaristými príbrežnými lúčkami. Sem zalieta loviť bocian čierny, ktorý v blízkych lesoch hniezdi.
Pozemky obce ležia väčšinou priamo v údolí potoka Machnáč, začínajú pod úpätím vrchu Machnáč (568 m.n.m.) na úbočiach a svahoch s veľkým sklonom.